Lewis had een woorden wisseling met Sam Phillips tijdens de opnamesessie voor Great Balls of Fire, een nummer dat hij aanvankelijk weigerde op te nemen omdat hij het godslasterlijk vond. Tijdens de beroemde Million Dollar Quartet-jam met Lewis, Elvis Presley, Carl Perkins en Johnny Cash voerden ze verschillende gospelsongs uit. Lewis’ biograaf Rick Bragg legt uit dat een deel van de reden waarom de opname alleen Lewis en Elvis zingt, is omdat ‘alleen Elvis en Jerry Lee zijn opgevoed in de Assemblee van God’, en ‘Johnny en Carl wisten niet echt welke woorden het waren …zij waren Baptisten ‘.

Lewis heeft ook jarenlange veroordeling doorstaan van zijn neef, evangelist Jimmy Lee Swaggart (video), die nooit de gelegenheid heeft gekregen om de levensstijl van Lewis te bekritiseren.

In de documentaire Jerry Lee Lewis uit 1990, legt Jerry Lee Lewis uit aan de interviewer: ‘De bijbel spreekt niet eens over religie. Geen woord van religie is zelfs in de Bijbel. Ben je heilig als je gelooft? Ben je gered? Kijk, ik was een goede prediker, ik ken mijn Bijbel. Ik merk ook dat ik tekortschiet in de glorie van God.’

Gospelmuziek was een hoofdbestanddeel van zijn repertoire. Na een reeks hit country-albums besloot hij voor het eerst in 1970 een degelijk gospel-album op te nemen.